Группа исследователей из Института Роберта Коха в Берлине и Института истории человечества Макса Планка представляет новый метод быстрой оценки траекторий заболеваемости из серийно взятых геномов SARS-CoV-2 и проверки его с помощью филодинамических методов.
Ежедневный подсчет новых случаев COVID-19 остается основой для оценки состояния пандемии и имеет жизненно важное значение для принятия обоснованных решений о государственном вмешательстве. Однако это количество случаев основано на положительных результатах диагностических тестов и, таким образом, сильно зависит от основной стратегии тестирования. Но стратегии тестирования различаются от региона к региону и кардинально меняются с течением времени, поэтому их точное влияние на количество ежедневных новых диагнозов трудно предсказать. Следовательно, для эпиднадзора за пандемией необходимы более надежные оценки числа новых инфицированных.
Чтобы лучше оценить новые уровни инфицирования, исследователи разработали и протестировали новый вычислительный метод, который выводит временные профили вирусной заболеваемости исключительно на основе геномных последовательностей и дат их выборки. Поскольку вирусный геном лежит в основе устойчивого процесса мутации, изменения в его последовательности во времени также отслеживают его распространение в популяции.
«Мутации, возникающие в вирусных геномах, оставляют сигнал, который позволяет нам связать генетическое разнообразие с размером вирусной популяции и, в данном случае, с частотой встречаемости», — говорит Дениз Кюнерт, соавтор исследования.
Используя коррелят заболеваемости, полученный с помощью нового метода, и общедоступные данные о развернутых стратегиях тестирования, исследователи также смогли рассчитать частоту выявления случаев с течением времени. Это говорит о том, что увеличение возможностей тестирования обычно приводит к увеличению доли выявленных случаев. Однако удивительно, что вероятность обнаружения снижается, когда критерии тестирования ослабляются. Это дает возможное объяснение наблюдаемой недостаточной регистрации случаев заболевания в Европе летом 2020 года, когда более слабые критерии тестирования были объединены с неизменными возможностями тестирования.
Исследование опубликовано в Nature Communications.
Источник — Газета Daily.